0403震災後，花蓮縣太魯閣國家公園砂卡礑步道損毀嚴重雖處於封閉狀態，但太管處仍堅持長期以來的溪流生態監測工作，在安全第一的前提下，持續讓巡守員進行砂卡礑溪與立霧溪匯流口周邊之水生生態調查。

令人欣喜的是依據監測結果，當地溪流生態並未見明顯衰退，充分展現大自然的自癒能力。未來隨著災修進度的推進，太管處也將逐步恢復其他區段的溪流監測工作，讓保育工作不中斷。

砂卡礑溪是立霧溪最接近出海口的支流，遊客沿著砂卡礑步道可輕易地欣賞峻秀壯麗的溪谷、變化萬千的水石，還有魚蝦自在悠遊的模樣，是太魯閣最熱門的步道景點之一。

太管處長期調查記錄砂卡礑溪流生態變化，自民國100年起由管理處結合志工人力不間斷，每月2天持續辦理砂卡礑溪流域水生生物監測，記錄原生種及入侵種的分佈情形，同時巡護並拆除非法佈設的蝦籠陷阱。

根據調查，砂卡礑溪常見的原生溪流生物種類豐富，如：臺灣扁絨螯蟹、貪食沼蝦、短腕沼蝦、日本瓢鰭鰕虎及大吻鰕虎等。

由於近年來砂卡礑溪監測到臺灣石賓的出現並大量繁殖，威脅當地原生種苦花等物種族群，另外粗糙沼蝦也有逐步擴散的趨勢，這些非當地原生物種的出現，對溪流生態產生了極大影響，對此太管處亦積極進行入侵物種移除工作，以維護砂卡礑溪的生物多樣性。